MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Burkholderia phytofirmans PsJN plasmid pBPHYT01

Total Repeats: 411

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010679	GGCA	2	8	8446	8453	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_010679	TGCC	2	8	8465	8472	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_010679	GAG	2	6	8485	8490	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010679	GT	3	6	9817	9822	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010679	GGT	2	6	9843	9848	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010679	ACT	2	6	9865	9870	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010679	GTG	2	6	9885	9890	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010679	CACT	2	8	9919	9926	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_010679	TGCC	2	8	10026	10033	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
10	NC_010679	GT	3	6	10062	10067	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010679	CCG	2	6	10089	10094	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_010679	CCGG	2	8	10190	10197	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_010679	GC	3	6	10204	10209	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_010679	CTG	2	6	10274	10279	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_010679	TGA	2	6	10289	10294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010679	CAG	2	6	10305	10310	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_010679	GGC	2	6	10337	10342	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_010679	CCG	2	6	10359	10364	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_010679	GCC	2	6	10382	10387	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_010679	GCC	2	6	10418	10423	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_010679	CAC	2	6	10432	10437	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_010679	CGG	2	6	10459	10464	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_010679	GCC	2	6	10508	10513	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_010679	CG	3	6	10999	11004	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_010679	AGA	2	6	11085	11090	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010679	GGC	2	6	11095	11100	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_010679	TCG	2	6	11547	11552	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_010679	CGC	2	6	11559	11564	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_010679	GAC	2	6	11600	11605	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_010679	TGA	2	6	11735	11740	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010679	AAG	2	6	11772	11777	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010679	CTG	2	6	11813	11818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_010679	CGA	2	6	11906	11911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_010679	CAT	2	6	11928	11933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_010679	ATT	2	6	11982	11987	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010679	TTG	2	6	12012	12017	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010679	TCAA	2	8	12026	12033	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_010679	AT	3	6	12594	12599	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010679	TGA	2	6	12618	12623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010679	GAT	2	6	12630	12635	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010679	AAGT	2	8	12689	12696	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010679	CCG	2	6	12703	12708	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_010679	TGC	2	6	12723	12728	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_010679	CTG	2	6	12732	12737	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_010679	TAT	2	6	16426	16431	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010679	T	6	6	16473	16478	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010679	ATT	2	6	16479	16484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010679	TAA	2	6	16533	16538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010679	CAT	2	6	16711	16716	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_010679	ATT	2	6	16731	16736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010679	AATT	2	8	16753	16760	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010679	GC	3	6	16771	16776	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_010679	GCA	2	6	16797	16802	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_010679	GCGCC	2	10	16811	16820	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
55	NC_010679	AGG	2	6	16851	16856	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010679	ATG	2	6	17537	17542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010679	CT	3	6	20099	20104	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_010679	GCG	2	6	20113	20118	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_010679	CCGCG	2	10	20121	20130	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
60	NC_010679	G	6	6	20167	20172	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010679	GCGG	2	8	20188	20195	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
62	NC_010679	CGT	2	6	20819	20824	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_010679	GCT	2	6	20870	20875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_010679	CGC	2	6	21320	21325	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_010679	CGGCG	2	10	21341	21350	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
66	NC_010679	ATTAA	2	10	21378	21387	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010679	GTAGA	2	10	21471	21480	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010679	AGC	2	6	21523	21528	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_010679	GTT	2	6	21535	21540	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010679	GGC	2	6	22022	22027	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_010679	CTG	2	6	22075	22080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_010679	ACA	2	6	22114	22119	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_010679	CAGA	2	8	22447	22454	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_010679	CG	3	6	22793	22798	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_010679	GAAGC	2	10	23191	23200	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_010679	CAGA	2	8	23205	23212	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_010679	CGA	2	6	23331	23336	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_010679	ATTC	2	8	23354	23361	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_010679	TGA	2	6	23465	23470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010679	TGA	2	6	23532	23537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010679	GGC	2	6	23562	23567	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_010679	ACT	2	6	23608	23613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_010679	GACC	2	8	23615	23622	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_010679	GA	3	6	24675	24680	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010679	TC	4	8	24916	24923	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_010679	TCG	2	6	25164	25169	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_010679	GCA	2	6	25202	25207	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010679	AAAATG	2	12	25228	25239	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010679	ATC	2	6	25347	25352	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_010679	CCA	2	6	25439	25444	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_010679	AAG	2	6	25473	25478	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010679	CGG	2	6	25524	25529	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010679	GCC	2	6	27189	27194	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_010679	CA	3	6	27442	27447	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_010679	CTAT	2	8	28890	28897	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_010679	TTG	2	6	28916	28921	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010679	GCA	2	6	28932	28937	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_010679	AAG	2	6	28986	28991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010679	ACT	2	6	29017	29022	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_010679	GGC	2	6	29025	29030	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_010679	TGA	2	6	30181	30186	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010679	ACG	2	6	31041	31046	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_010679	TTGT	2	8	31132	31139	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010679	GCA	2	6	31201	31206	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_010679	GTT	2	6	32643	32648	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010679	GCTTC	2	10	32649	32658	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_010679	GTTG	2	8	34263	34270	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010679	GGTT	2	8	34618	34625	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010679	ATG	2	6	34648	34653	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010679	GCT	2	6	34661	34666	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_010679	GGCG	2	8	35569	35576	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
112	NC_010679	CCG	2	6	35587	35592	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_010679	GCCCG	2	10	38674	38683	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
114	NC_010679	GCC	2	6	38717	38722	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_010679	GGCG	2	8	38726	38733	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
116	NC_010679	CA	5	10	38768	38777	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_010679	CCG	2	6	38779	38784	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_010679	CAA	2	6	38843	38848	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_010679	A	6	6	38847	38852	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010679	AG	3	6	38858	38863	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010679	CGGG	2	8	40513	40520	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
122	NC_010679	GCG	2	6	40544	40549	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_010679	GC	3	6	41480	41485	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
124	NC_010679	GTG	2	6	41491	41496	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010679	GGC	2	6	41555	41560	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_010679	CAT	2	6	41628	41633	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_010679	AGG	2	6	41686	41691	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010679	CGGC	2	8	41693	41700	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
129	NC_010679	CCCTA	2	10	41737	41746	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
130	NC_010679	CAAT	2	8	41753	41760	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_010679	GGC	2	6	41822	41827	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_010679	GA	3	6	42045	42050	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010679	CGG	2	6	43080	43085	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_010679	AG	3	6	43093	43098	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010679	GCC	3	9	43342	43350	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_010679	CAG	2	6	43362	43367	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_010679	CGC	2	6	43370	43375	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_010679	GCC	2	6	43396	43401	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_010679	GTG	2	6	43434	43439	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010679	CAT	2	6	43570	43575	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_010679	AGG	2	6	43628	43633	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010679	CGGC	2	8	43635	43642	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
143	NC_010679	CAAT	2	8	43695	43702	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_010679	ATA	2	6	43708	43713	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010679	AG	3	6	44042	44047	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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149	NC_010679	CGT	3	9	44193	44201	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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186	NC_010679	GC	3	6	48726	48731	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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188	NC_010679	ATG	2	6	48802	48807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_010679	GTT	2	6	91922	91927	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
292	NC_010679	CTG	2	6	91939	91944	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
293	NC_010679	ACT	2	6	91978	91983	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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383	NC_010679	TC	4	8	114612	114619	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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395	NC_010679	GCCG	2	8	117116	117123	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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409	NC_010679	GAAA	2	8	120873	120880	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
410	NC_010679	CCA	2	6	120969	120974	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
411	NC_010679	ACGGC	2	10	121016	121025	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.